Der Hauptmodus von Nemesis: Aftermath ist der Epilog-Modus, ein kurzes (45–60 Minuten) 5-Runden-Spiel, das nach einem regulären Spiel gespielt wird. Zu Beginn dieses Epilogs ist seit den Ereignissen im Basisspiel von Nemesis eine unbestimmte Zeit vergangen. Spieler nutzen Charaktere (die nicht Teil des Basisspiels waren), um die Nemesis zu betreten und Nachforschungen anzustellen. Das Schiff trägt viele Narben von seinen früheren Strapazen, daher werden Überreste Ihres vorherigen Durchspielens Auswirkungen auf Ihr Epilog-Durchspielen haben.
Ein Epilog-Spiel ist viel kürzer als ein normales Nemesis-Spiel, aber es ist schwieriger und bietet ein sehr dynamisches Spielerlebnis. Anstelle von Zielen müssen sich die Spieler mit scheinbar einfachen persönlichen Anforderungen auseinandersetzen und gleichzeitig versuchen, gemeinsam verschiedene Warnungen zu bewältigen. Darüber hinaus können Spieler, die eher egoistische Interessen verfolgen, lukrative Angebote annehmen. Die Spieler nutzen außerdem das zusätzliche Shuttle-Brett, das ein neues kleines Schiff (vertäut an der Nemesis) darstellt, bestehend aus 4 zusätzlichen Raumplätzen. Die Nemesis: Aftermath-Erweiterung fügt außerdem 4 neue Räume hinzu.
Sie können das Epilog-Spiel mit weniger Spielern spielen, als tatsächlich am regulären Spiel teilgenommen haben.
Nemesis: Aftermath fügt für jeden Charakter eine Attributkarte hinzu (sowohl aus dem Basisspiel als auch aus der Erweiterung). Eigenschaftskarten bieten während des Spiels bestimmte Vor- und Nachteile. Die Eigenschaftskarte wird offen neben die Charaktertafel gelegt und ihre Regel gilt für den Rest des Spiels.
Nemesis: Aftermath fügt dem Spiel 5 neue Charaktere hinzu. Wenn Spieler ihren Charakter auswählen, können sie anhand der von ihnen ausgewählten Charakterentwurfskarte entweder den Basisspiel- oder den Aftermath-Charakter einer ausgewählten Farbe auswählen. Beispielsweise kann der rote Aftermath-Charakter (der Sträfling) den roten Grundspielcharakter (den Soldaten) ersetzen. Nachdem er seinen Charakter ausgewählt hat, behält jeder Spieler seine ausgewählte Draft-Karte und verhindert so, dass andere Spieler die Möglichkeit haben, den anderen Charakter derselben Farbe auszuwählen. Die beiden roten Charaktere (der Sträfling und der Soldat) können niemals zusammen im selben Spiel sein. Die Aftermath-Charaktere unterscheiden sich stark von den Charakteren des Basisspiels.